Segue minha configuração:
drwxr-xr-x 3 root root 4096 feb 14 10:05 phpmyadmin/
isso é para pasta. E para esses dois arquivos:
-rw-r----- 1 root www-data 60 feb 14 10:05 blowfish_secret.inc.php
-rw-r----- 1 root www-data 0 feb 14 10:05 config.inc.php
Espero que isso ajude. Verifique também a extensão php5-mcrypt. Se não estiver funcionando corretamente, use
sudo php5enmod mcrypt
para instalá-lo e, em seguida, reinicie o ngnix. aqui estão os comandos:
chmod 755 /var/lib/phpmyadmin
chmod 664 /var/lib/blowfish_secret.inc.php
chmod 664 /var/lib/config.inc.php
esses comandos devem funcionar. :)