Qual versão do phpMyAdmin você está usando em cada sistema? Há um bug com a versão 4.6.5.1 que causa esse problema na exportação. O phpMyAdmin 4.6.5.2 foi lançado para resolver isso, ou você pode usar este patch se você deseja.

Editado para incluir a notícia de que a versão 4.6.5.2 foi lançada