Está tudo explicado razoavelmente bem no manual; essas opções são configuradas através de diretivas adicionais em config.inc.php.
Veja, por exemplo, http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/ config.html#cfg_Servers_ssl e os poucos parágrafos que se seguem. (Ou, para ser mais específico, veja
- http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/ config.html#cfg_Servers_ssl_key ,
- http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/ config.html#cfg_Servers_ssl_cert ,
- http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/ config.html#cfg_Servers_ssl_ca ,
- http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/ config.html#cfg_Servers_ssl_ca_path , e
- http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/ config.html#cfg_Servers_ssl_ciphers ).
No meu caso, consegui isso adicionando estas diretivas:
$cfg['Servers'][$i]['ssl'] = true;
$cfg['Servers'][$i]['ssl_cert'] = '/etc/mysql/client-cert.pem';
$cfg['Servers'][$i]['ssl_ca'] = '/etc/mysql/ca-cert.pem';
$cfg['Servers'][$i]['ssl_key'] = '/etc/mysql/client-key.pem';
Ajustando é claro para os caminhos corretos em seu sistema local. Boa sorte!
