A contagem de linhas é uma aproximação usada para otimização de consulta pelo InnoDB. fazer uma contagem(*) é muito mais ineficiente e ter uma ideia aproximada do número de linhas é suficiente para otimizar o plano de consulta. O phpMyAdmin fará uma consulta "show table status" para obter as informações sobre a tabela:
http://dev.mysql.com/doc /refman/5.0/en/show-table-status.html
Para outros mecanismos de armazenamento, como o InnoDB, esse valor é uma aproximação e pode variar do valor real em até 40 a 50%. Nesses casos, use SELECT COUNT(*) para obter uma contagem precisa.