A maneira mais fácil é simplesmente ir ao arquivo de configuração do mysql (my.ini no Windows, my.cnf no Linux) e adicionar isto:
[mysqld]
default-storage-engine=InnoDB
Isso pressupõe que você ativou o
InnoDB , que é outro tópico, mas há muitas respostas
sobre como fazer isso. Você sempre pode verificar o mecanismo de armazenamento padrão no phpMyAdmin no XAMPP:Basta clicar no servidor, depois nos mecanismos, depois em um mecanismo específico (como MyISAM) e ver se diz MyISAM is the default storage engine on this MySQL server . 
