Citando o Manual de referência (Configurando o mecanismo de armazenamento ):
A opção default-storage-engine deve fazer parte da seção mysqld em my.cnf;
[mysqld]
default-storage-engine = innodb
Você também pode querer alterar o mecanismo de armazenamento padrão apenas para a sessão atual. Você pode fazer isso configurando o
storage_engine
variável:SET storage_engine=INNODB;