É porque o xampp usa um alias para apontar http://localhost/phpmyadmin para xampp's phpmyadmin path

Então o que você pode fazer é encontrar Alias /phpmyadmin em seu httpd.conf e substitua-o por Alias /xphpmyadmin ou mesmo Alias /phpmyadmin2 . Se você fizer isso, você não terá conflito em ter um phpmyadmin pasta em seu webs pasta.