Está faltando pelo menos uma das tabelas de armazenamento de configuração do phpMyAdmin ou o nome da tabela configurada não corresponde ao nome real da tabela.

Consulte http://docs.phpmyadmin.net/en/ latest/setup.html#phpmyadmin-configuration-storage .

Um resumo rápido do que fazer pode ser:

1. No shell:locate create_tables.sql .
2. importar /usr/share/doc/phpmyadmin/examples/create_tables.sql.gz usando phpMyAdmin.
3. abra /etc/phpmyadmin/config.inc.php e edite as linhas 81-92:altere pma_bookmark para pma__bookmark e assim por diante.