Quando você cria uma nova coluna, um valor padrão é atribuído (no seu caso será 0), então você precisa especificar quais valores ela terá (além disso você pode dizer para a coluna ser autoincremental, e ela fará o trabalho para você para as novas entradas de linhas). Você tem que alterar todos os valores para serem diferentes entre eles, a chave id DEVE ser única
Para alterar todos os seus ids, no mysql você pode fazer:
SET @new_id=0;
UPDATE your_table
SET id = @new_id := @new_id + 1
where id = 0
