Diferença entre duas colunas no mysql

Você só precisa adicionar a lógica no where cláusula:

SELECT `p_Id`,`user_id`,`doc_id`,`credit` ,`app_date`,`expires_on`,
       (credit -debited_amount) AS credit
FROM `wp_loyalty_credits`
WHERE `expires_on`>now() and (credit > debited_amount or debited_amount is null);

Sua consulta redefine credit no select . No entanto, isso é irrelevante, porque você não pode se referir a um alias de coluna no where cláusula. Portanto, a coluna credit é o que usou. Fica mais claro se você adicionar aliases de tabela:

SELECT lc.p_Id, lc.user_id, lc.doc_id, lc.credit, lc.app_date, lc.expires_on,
       (lc.credit - lc.debited_amount) AS credit
FROM `wp_loyalty_credits` lc
WHERE lc.expires_on > now() and
      (lc.credit > lc.debited_amount or lc.debited_amount is null);