Como você alterou a porta que o MySQL está usando, você deve informar ao phpMyAdmin -- e a todos os seus outros aplicativos -- sobre essa mudança.
Para phpMyAdmin, edite ou adicione uma linha como
$cfg['Servers'][$i]['port'] = '3007'; Como você está executando duas instâncias do MySQL, você pode se conectar a ambas a partir do phpMyAdmin; adaptado do wiki :
<?php
$cfg['blowfish_secret']='0987654321'; //any string of your choice (max. 46 characters)
$i = 0;
$i++; // server 1
$cfg['Servers'][$i]['verbose'] = 'Production server';
$i++; // server 2
$cfg['Servers'][$i]['port'] = '3007';
$cfg['Servers'][$i]['verbose'] = 'Development server';
A propósito, eu prefiro o 'cookie' auth_type por alguns motivos; ele pode fornecer melhores relatórios de erros se algo der errado ao conectar, torna mais fácil alternar entre usuários e servidores e não gosto da caixa de diálogo modal que meu navegador apresenta para autenticação básica http. Claro, você pode usar o que preferir.
