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MySQL #2006 - O servidor MySQL desapareceu no phpMyAdmin


Eu finalmente encontrei.

Aparentemente, houve alguns problemas de incompatibilidade após a atualização para o MySQL 5.6.

Para verificar esses problemas e corrigi-los, você precisará fazer uma atualização do MySQL.

Basta executar o seguinte em um terminal:
mysql_upgrade -u root -p

Digite sua senha e aguarde até que a atualização termine.

Isso resolveu o problema para mim.