Esta é uma pergunta um pouco R e um pouco sobre uma pergunta de administração de sistemas do Ubuntu. aqui vão alguns pontos:

1. 
   Para tarefas simples de inicialização, eu recomendo apenas usar /etc/rc.local onde você pode anexar seus trabalhos.
   
2. 
   Eu só não gosto de R CMD BATCH é por isso que Jeff Horner e eu escrevemos pouco, o que dá a você /usr/bin/r e scripts R muito mais fáceis. O próprio R também fornece Rscript; qualquer um é preferível ao R CMD BATCH .
   
3. 
   Para testar scripts, basta executá-los como root. Uma vez que eles funcionem, adicione-os a /etc/rc.local .
   

Espero que isto ajude. O r-sig-debian list é uma boa fonte de dicas do Ubuntu / Debian também.