Em última análise, você está ferrado. Não há nenhuma maneira (em mongodb) para garantia integridade dos dados nesse cenário, pois faltam relações em geral e chaves estrangeiras em particular. E há pouco sentido em construir verificações no nível do aplicativo. Não importa o quão elaborados eles sejam, eles ainda podem falhar (portanto, "sem garantia").

Portanto, ou está incorporando (para que os dados relacionados estejam sempre lá, bem no documento) ou abandonando a esperança de dados consistentes.