Você pode usar a notação de ponto para atualizar o documento aninhado. Observe que, sempre que a notação de ponto for usada, ela deve ser colocada entre aspas.
db.collection.update(
{},
{ $set:{
"codeId.$ref":"code"
}
},
false,
true
);
Você pode ler mais sobre Referências de banco de dados .
