Não sei se o Mongoose 5.0.0 deve suportar Arrayfilters prontos para uso, mas você pode obtê-lo usando o método de comando do Mongoose que é executado diretamente no MongoDB, portanto, pode utilizar todos os recursos disponíveis, incluindo ArrayFilters no MongoDB 3.6.1
Exemplo:
mongoose.connection.db.command({
update: <YourModel>.collection.name,
updates: [
{
q: { 'field1.field2._id': mongoose.Types.ObjectId(<someObjectid>) },
u: {
$set: { 'field1.$.field2.$[field].fieldToUpdate': "updated!" },
},
arrayFilters: [
{ 'field._id': mongoose.Types.ObjectId(<someObjectid>) },
],
},
],
})
