MongoDB - DBRef

Sintaxe para o dbref é

  { $ref : <collname>, $id : <idvalue>[, $db : <dbname>] }

Mas você adicionou um campo de quantidade não suportado dentro de dbref. Esse é o problema. leve isso para fora

db.basket.save ({"_id" : "1", "items" : [
    {"quantity" : 5 , item : {"$ref" : "fruit", "$id" : "1"}},
    {"quantity" : 10, item : {"$ref" : "fruit", "$id" : "3"}}
]})

que tipo de aparência (assustadora)

{
    "_id" : "1",
    "items" : [
        {
            "quantity" : 5,
            "item" : {
                "$ref" : "fruit",
                "$id" : "1"
            }
        },
        {
            "quantity" : 10,
            "item" : {
                "$ref" : "fruit",
                "$id" : "3"
            }
        }
    ]
}

Mas meu conselho é, abandone o dbref completamente e apenas use a estrutura simples como esta

db.basket.save ({"_id" : "1",items:[
                        {item_id:"1",quantity:50},
                        {item_id:"3",quantity:10}
                ]})

isso é muito mais limpo, que se parecerá com

{
    "_id" : "1",
    "items" : [
        {
            "item_id" : "1",
            "quantity" : 50
        },
        {
            "item_id" : "3",
            "quantity" : 10
        }
    ]
}