Tente este, funcionou para mim:
db.<your collection>.find({"a_list_of_dbrefs.$id": ObjectID("4e2d48ab580fd602eb000004")})
Você também pode recuperar todos os elementos que possuem a referência para a coleção:
db.<your collection>.find({"a_list_of_dbrefs.$ref": "somecollection"})