Você terá que fazer isso sozinho no código do aplicativo, consultando o documento e fazendo um loop em todos os documentos aninhados; e, em seguida, salve-o de volta no MongoDB.

Para evitar condições de corrida com isso, dê uma olhada na seção comparar e trocar em http://www.mongodb.org/display/DOCS/Atomic+Operations

Atualmente, existe um ticket aberto para adicionar essa funcionalidade ao MongoDB. Você pode querer votar:https://jira.mongodb.org/browse/ SERVIDOR-1243