Depois de reiniciar o servidor mongodb depois de habilitar smallfiles , ele será aplicado apenas para novos bancos de dados. Qualquer banco de dados existente não será afetado por esta configuração.

Teste essa configuração criando um novo banco de dados.

Além disso, é mencionado na documentação que habilitar essa configuração afetará o desempenho.

The smallfiles setting can lead mongod to create many files, which may affect performance for larger databases.

Então use com cautela