A resposta curta para sua pergunta é; você não. A única opção disponível para você é armazenar cada par exclusivo como um único elemento de matriz. Então, em vez de:
{a:[1,2], b:[8,9]}
você armazena
{ab:[[1,8], [1,9], [2,8], [2,9]]}
Obviamente, isso tem algumas desvantagens, então realmente depende do seu caso de uso específico se essa é ou não uma solução alternativa apropriada. Eu concordo, no entanto, que o mongo não deve rejeitar vários índices de matriz apenas para prova de idiotas. É um bom recurso para matrizes de cardinalidade pequena/baixa.
