De acordo com as informações abaixo para o problema do pymongo documento api aqui , a exceção precisa ser tratada manualmente.

Pesquisei algumas soluções existentes para o problema, veja abaixo.

1. Um trecho de código aqui para lidar com o PyMongo AutoReconnect exceção.
2. Usando um middleware chamado MongoDBProxy para lidar automaticamente com AutoReconnect exceção.

Espero que ajude.