É um pouco tarde para responder a esta pergunta, mas futuros pesquisadores podem achar útil.
Se você estiver usando o MongoDB apenas para algumas operações (e, portanto, não quiser usar a arquitetura completa do MongoEngine), poderá configurar sua arquitetura assim:
# project/settings.py
(place Mongo connection info here)
# project/__init__.py
(declare a global MongoClient here, it will be throughout the app)
# project/all apps
import project.MY_MONGO_CLIENT_NAME
(use MongoClient as needed)
Um detalhamento mais completo pode ser encontrado aqui:https://gist.github.com/josephmosby/4497f8a4f675170180ab