Como esperado, a consulta é fácil quando você sabe como. Aqui está a sintaxe, em python:
db["my_collection"].update(
{ "_id": ObjectId(document_id) },
{ "$set": { 'documents.'+str(doc_index)+'.content' : new_content_B}}
)
db["my_collection"].update(
{ "_id": ObjectId(document_id) },
{ "$set": { 'documents.'+str(doc_index)+'.content' : new_content_B}}
)