Se você quiser encontrar por propriedade no documento incorporado, você deve usar a notação de ponto
isso não funcionará, porque você está pedindo ao mongoo para encontrar o documento que possui o objeto de atendimentos igual ao mesmo objeto fornecido.
{ "attendances": {"2019-08-26": "Present"}}
isso funcionará apenas se o objeto de atendimentos em seu banco de dados contiver apenas
{ "attendances": {"2019-08-26": "Present"}}
isso significa que você está perguntando ao mongoo se o objeto armazenado é igual ao objeto fornecido e ele retornará false
{ "attendances": {"2019-08-26": "Present" , "2019-08-27": "Sick"}} == { "attendances": {"2019-08-26": "Present"}}
para fazer isso você tem que usar a notação de ponto
Employee.collection.countDocuments({"attendances.2019-08-26":"Present"},(err,data)=>{
if(err){
res.status(500)
res.send(err)
}else{
res.status(200)
res.json(data)
}
})