Eu sou totalmente novo em bancos de dados orientados a documentos, e agora estou tentando desenvolver uma espécie de CMS usando node.js e mongodb, então estou enfrentando os mesmos problemas que você.

Por tentativa e erro, encontrei esta regra prática:faço uma coleção para cada entidade que pode ser um "assunto" para minhas consultas, enquanto incorporo o restante dentro de outros objetos.

Por exemplo, comentários em uma entrada de blog podem ser incorporados, porque geralmente estão vinculados à própria entrada e não consigo pensar em uma consulta útil feita globalmente em todos os comentários. Por outro lado, as tags anexadas a uma postagem podem merecer sua própria coleção, porque mesmo que estejam vinculadas à postagem, você pode querer raciocinar globalmente sobre todas as tags (por exemplo, fazer uma lista de tópicos de tendências).