Antes de tudo, você precisa abrir um endpoint em seu servidor. Mongodb é um banco de dados e, portanto, você pode acessá-lo de seu backend, implementando um controlador ou algo semelhante. Em seguida, você pode fazer uma chamada de API para esse endpoint.
$scope.del = function(data) {
$http.post('/records/' + data.id + '/delete')
.then(function(){
.... the rest of your angular code goes here
})
};
