Em primeiro lugar, acredito que você pode mudar para isso (remova o require adicional de http e defina io para ouvir o servidor):
// Init App
var app = express();
var server = require("http").Server(app);
var io = require("socket.io").listen(server);
Se o seu lado do cliente estiver sendo executado em uma porta diferente do seu servidor, você deve alterar sua importação também, eu acho. Caso contrário, essa peça pode ser boa. Eu não acho que você precisa do .connect on io in var socket =io.connect(); O meu está funcionando sem ele, de qualquer maneira.
<script src='http://localhost:3000/socket.io/socket.io.js'></script>
