Infelizmente, agora não há uma maneira de forçar strings semelhantes a números a serem interpretadas como strings:
https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-3731
Você pode escrever um script em Python ou alguma outra linguagem com a qual se sinta confortável, nos moldes de:
import csv, pymongo
connection = pymongo.Connection()
collection = connection.mydatabase.mycollection
reader = csv.DictReader(open('myfile.csv'))
for line in reader:
print '_id', line['_id']
upsert_fields = {
'_id': line['_id'],
'my_other_upsert_field': line['my_other_upsert_field']}
collection.update(upsert_fields, line, upsert=True, safe=True)
