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Mongodb - Map-Reduce - Dados completos não são retornados


Como o MongoDB pode chamar a função de redução muitas vezes, você deve garantir que Função Idempotence . Uma pequena modificação na sua função de redução resolve o problema:
db.system.js.save({

    _id: "reduce1",

    value: function (key, values) {
        var reducedValue = [];
        for (var i = 0; i < values.length; i++) {
            for(var j = 0; j < values[i].data.length; j++) {
                reducedValue.push({
                    "_id": values[i].data[j]._id,
                    "creation_time": values[i].data[j].creation_time
                });   
            }

        }
        return {
            data: reducedValue
        };
    }
});

Observe que agora os values[i].data array também é percorrido, porque o retorno de outro reduce1 chamadas estão nos valores values matriz .