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Como alterar o subdocumento depois de encontrar com mangusto


Desculpe, eu mesmo resolvi.

O problema é a ordem de declaração dos Schemas.

Funcionou se eu tentasse essa mudança. 
/* first, children's schema */
var ChildSchema = new Schema({
  name: String,
}, {_id: false});

/* seconds, parent's schema */
var UserSchema = new Schema({
  name: String,
  children: [ChildSchema],
});