Se você quiser fazer essa classificação, provavelmente desejará armazenar seus dados de uma maneira diferente. O MongoDB geralmente não é tão bom em manipular documentos aninhados quanto os campos de nível superior. No seu caso, eu recomendaria dividir ptime, pt e uid em sua própria coleção:
mensagens
{
"_id":417,
"ptime":ISODate("2013-11-26T11:18:42.961Z"),
"type":"1",
"txt":"test message"
},
usuários
{
"id":417,
"ptime":ISODate("2013-11-26T11:18:42.961Z"),
"uid":"52872ed59542f",
"pt":ISODate("2013-11-26T11:18:42.961Z")
},
{
"id":417,
"ptime":ISODate("2013-11-26T11:18:42.961Z"),
"uid":"524eb460986e4",
"pt":ISODate("2013-11-26T11:18:42.961Z")
},
{
"id":417,
"ptime":ISODate("2013-11-26T11:18:42.961Z"),
"uid":"524179060781e",
"pt":ISODate("2013-11-27T12:48:35Z")
}
Você pode então definir um índice na coleção de usuários para uid, ptime e pt.
Você precisará fazer duas consultas para também obter as mensagens de texto.