Me deparei com o mesmo problema e, depois de pesquisar e pesquisar, encontrei este posthttps://stackoverflow.com /a/43810346/3785901
Eu tentei este comando mencionado:
mongodump --host HOST:PORT --db SOURCE_DB --username USERNAME --password PASSWORD --archive | mongorestore --host HOST:PORT --nsFrom 'SOURCE_DB.*' --nsTo 'TARGET_DB.*' --username USERNAME --password PASSWORD --archive --drop
e funciona como um encanto. Deve funcionar no seu caso, boa sorte.
