UTF8 é a codificação padrão suportada pelo MongoDB e suporta todos os caracteres (comprimento de bytes variável), incluindo utf8-mb4 (veja abaixo para mais detalhes). Você provavelmente não está convertendo seus dados para UTF-8 antes de carregá-los no MongoDB ou não está tratando os dados como UTF-8 ao recuperar os dados.

Apenas para esclarecer, a implementação original "utf8" do MySQL era apenas para até 3 bytes, enquanto a implementação do MySQL chamada 'utf8-mb4' tem na verdade até 4 bytes (como o RFC oficial recomenda). MySQL é o mesmo que UTF8 no MongoDB.