Uma coisa que você pode fazer aqui é escrever seu conversor personalizado para
MainDoc :public class MainDocConverter implements Converter<MainDoc, DBObject> {
@Override
public DBObject convert(final MainDoc source) {
final BasicDbObject dbObject = new BasicDBObject();
...
if(/* validate is subdoc is not null and not empty */) {
dbOject.put("subDoc", source.getSubDoc());
}
}
}
Você pode registrá-lo em
@Configuration arquivo por exemplo:@Configuration
@EnableMongoRepositories(basePackages = {"package"})
public class MongoConfig {
private final MongoDbFactory mongoDbFactory;
public MongoConfig(final MongoDbFactory mongoDbFactory) {
this.mongoDbFactory = mongoDbFactory;
}
@Bean
public MongoTemplate mongoTemplate() throws Exception {
final MongoTemplate mongoTemplate = new MongoTemplate(mongoDbFactory, getDefaultMongoConverter());
return mongoTemplate;
}
@Bean
public MappingMongoConverter getDefaultMongoConverter() throws Exception {
final MappingMongoConverter converter = new MappingMongoConverter(
new DefaultDbRefResolver(mongoDbFactory), new MongoMappingContext());
converter.setCustomConversions(new CustomConversions(Arrays.asList(new MainDocConverter())));
return converter;
}
}
Se você não quiser escrever um conversor personalizado para seu brinquedo objeto, pode usar um padrão e modificá-lo um pouco.
final Document document = (Document) getDefaultMongoConverter().convertToMongoType(mainDoc);
if(/* validate is null or is empty */) {
document .remove("subDoc");
}
mongoTemplate().save(document);
Na verdade não é a melhor maneira. Como os caras escreveram, o objeto vazio deve ser armazenado como
{} , mas o conversor pode ajudá-lo com o seu caso. 
