MongoDB
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node.js moongodb duas descobertas


Você precisa fornecer condição de consulta para o método de preenchimento.
Algo assim:
const userWithCompanies = await User
  .findById(userId)
  .populate({
    path: 'companies',
    match: {
      title: {$regex: `.*${search}.*`, $options: "i"}
  });