As agregações não são executadas como consultas tradicionais e você não pode executar a explicação nelas. Na verdade, eles são classificados como comandos e, embora façam uso de índices, você não pode descobrir prontamente como eles estão sendo executados em tempo real.

Sua melhor aposta é pegar a parte $match da sua agregação e executá-la como uma consulta com explicação para descobrir o desempenho dos índices e ter uma ideia sobre o nscanned.