Tudo bem, eu estava a apenas uma operação de atualização de distância. Corrigi o problema com o seguinte shell mongo
update
comando para substituir todos os NaN
s com null
s:O
{multi: true}
para substituir todos os fósforos. database_name.collection_name.update({"field_name_having_NaN": {$eq: NaN}}, {$set: {"field_name_having_NaN": null}}, {multi: true});
Referência:Operador de atualização de campo MongoDB - $set