O driver só irá gerar o campo Id para você quando os campos forem identificados como _id de uma coleção. No seu caso, Bar está embutido dentro do Foo documento.

Portanto, não faz sentido para Bar para ter um campo de ID gerado automaticamente.

No seu exemplo, não há realmente nenhuma razão para Bar para ter um _id exclusivo . Ao consultar a coleção, você consultará com base no _id de Foo e você terá Bar objetos disponíveis na resposta.

Este é definitivamente um comportamento pretendido.