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Como converter datas em uma matriz com $ dateFromString?


Você pode usar o operador de agregação $map para aplicar $dateFromString para cada elemento do array:
db.test.aggregate([{
  "$project": {
    "ticker": 1,
    "currency": 1,
    "daily": {
      "$map": {
        "input": "$daily",
        "in": {
          "timestamp": { 
            "$dateFromString": {
              "dateString": '$$this.timestamp',
              "format":  '%Y-%m-%d'
            }
          },
          "open": "$$this.open",
          "high": "$$this.high",
          "low": "$$this.low",
          "close": "$$this.close",
          "volume": "$$this.volume"
        }
      }
    }
  }
}])