Você precisa adicionar uma etapa $group ao pipeline.
O _id do grupo será o que você está somando (neste caso, uma constante, pois você deseja um total geral). Como você deseja manter a lista de faturas, pode acumulá-las em um campo de matriz por meio do operador $push. Somas para total e quantidade seriam tratadas com $sum.
{$group : { _id : 1,
Total : { $sum : "$total" },
ItemCount : { $sum : "$qty" },
Invoices : { $push : { id : "$_id", created : "$created" }}
} }