No momento, você está tentando atualizar com base em uma string, não em um ObjectId.
Certifique-se de inicializar um novo ObjectId da string ao criar sua consulta:
mongoDB.getCollection("restaurants").updateOne(
new BasicDBObject("_id", new ObjectId("56110fe1f882142d842b2a63")),
new BasicDBObject("$set", new BasicDBObject("zipcode", "10462"))
);