mais de um índice 2dsphere, não tenho certeza de qual executar geoNear

Como a mensagem de erro indicou, isso ocorre porque você tem mais de um 2dsphere índices, então $geoNear não sabe qual usar.

Nessa situação, você pode:

descarte o segundo índice geográfico ou
use a key parâmetro conforme mencionado na documentação do $geoNear :

O erro também é mencionado nos documentos:

Você pode usar db.collection.getIndexes() para listar todos os índices definidos na coleção.

Aqui está um exemplo de como usar a key parâmetro:

> db.test.insert([
  {_id:0, loc1:{type:'Point',coordinates:[1,1]}, loc2:{type:'Point',coordinates:[2,2]}},
  {_id:1, loc1:{type:'Point',coordinates:[2,2]}, loc2:{type:'Point',coordinates:[1,1]}}
])

Então eu crio dois 2dsphere índices:

> db.test.createIndex({loc1:'2dsphere'})
> db.test.createIndex({loc2:'2dsphere'})

Executando $geoNear sem especificar key vai gerar o erro:

> db.test.aggregate({$geoNear:{near:{type:'Point',coordinates:[0,0]},distanceField:'d'}})
...
  "errmsg": "more than one 2dsphere index, not sure which to run geoNear on",
...

Usando a key: loc1 classificará o resultado de acordo com o loc1 índice (_id: 0 vem antes de _id: 1 ):

> db.test.aggregate(
    {$geoNear: {
        near: {type: 'Point',coordinates: [0,0]},
        distanceField: 'd',
        key: 'loc1'}})
{ "_id": 0, "loc1": { "type": "Point", "coordinates": [ 1, 1 ] }, "loc2": { "type": "Point", "coordinates": [ 2, 2 ] }, "d": 157424.6238723255 }
{ "_id": 1, "loc1": { "type": "Point", "coordinates": [ 2, 2 ] }, "loc2": { "type": "Point", "coordinates": [ 1, 1 ] }, "d": 314825.2636028646 }

E, usando key: loc2 classificará o resultado de acordo com o loc2 índice (_id: 1 vem antes de _id: 0 ):

> db.test.aggregate(
    {$geoNear: {
        near: {type: 'Point',coordinates: [0,0]},
        distanceField: 'd',
        key: 'loc2'}})
{ "_id": 1, "loc1": { "type": "Point", "coordinates": [ 2, 2 ] }, "loc2": { "type": "Point", "coordinates": [ 1, 1 ] }, "d": 157424.6238723255 }
{ "_id": 0, "loc1": { "type": "Point", "coordinates": [ 1, 1 ] }, "loc2": { "type": "Point", "coordinates": [ 2, 2 ] }, "d": 314825.2636028646 }