tente usar mongodump ou mongoexport . https://docs.mongodb.org/manual/core/backups/

mongoexport fornece uma maneira eficiente de exportar dados da coleção (por consulta, se desejar)

mongodump faz um dump completo do banco de dados (backup) para que você possa restaurá-lo facilmente em qualquer lugar, com os mesmos ids, referências, índices. Todas as suas coisas

Você pode usar node.js child_process.exec para executar o mongodump/mongoexport. Você pode usar linux crontab para agendamento de backups. Tantas maneiras de organizar isso com as ferramentas certas