{"macID" : {$in : [1,2]}} não significa que você está pesquisando em dois documentos (com "macID" : 1 e "macID" : 2 ), significa que você está pesquisando qualquer documento que tenha macID igual a 1 ou 2 .

Então upsert: true diz ao MongoDB para criar apenas um documento (não dois).

Você deve fornecer as várias solicitações de atualização (use bulkWrite com updateOne não updateMany ).