Atualmente, o Waterline não oferece suporte à consulta de registros incorporados, principalmente porque isso não é simples de fazer em vários bancos de dados.
No entanto, você pode usar
Label.native(function(err, rawMongoCollection){/*...*/});
para obter uma coleção bruta do Mongo e com ela você poderá fazer uma consulta semelhante:documentos .native()
.