Há um bug postado para este problema:https://jira.mongodb.org/browse/ SERVER-13735

Problema semelhante, um GeoJSON válido está sendo enviado para um índice 2dsphere e está causando a mensagem "Não é possível extrair chaves geográficas do objeto, geometria malformada?" erro.

Houve uma série de bugs anteriores em que o GeoJSON válido estava causando essa mensagem de erro. Eles corrigiram isso no 2.6.x, mas este parece ser um novo. Eu entraria em contato com o JIRA, pois ajudará a priorizá-lo para uma correção.