http://php.net/manual/en/mongodb-bson -objectid.construct.php lê:
Portanto, a verificação pode ser uma regex simples:
if(preg_match('/^[0-9a-f]{24}$/i', $id) === 1) {
.....
Ou se você preferir manter o construtor ObjectId e torná-lo à prova de futuro, faça isso com try-catch:
try {
$user = $this->collection->findOne([
'_id'=> new \MongoDB\BSON\ObjectId($id)
]);
if(!$user){ return false; }
return $user;
} catch() {}