Construir consultas é realmente apenas criar uma representação de documento BSON, que é basicamente a mesma interface que as interfaces HashMap ou List padrão, conforme apropriado:
Document query = new Document("objectKey",new Document( "$regex","Bos"))
.append("cacheVersionString","08/03/15_11:05:09");
Document projection = new Document("_id",0)
.append("objectData",0)
.append("lastModified",0)
.append("productCode",0);
MongoCursor<Document> cursor = collection.find(query).projection(projection).iterator();
Onde isso é basicamente idêntico a como você está estruturando consultas no shell do MongoDB.
Como alternativa, você pode usar interfaces do construtor se isso parecer mais lógico para você:
QueryBuilder builder = QueryBuilder.start();
builder.and("objectKey").regex(Pattern.compile("box"));
builder.and("cache_version_string").is("08/03/15_11:05:09");
BasicDBObject query = (BasicDBObject)builder.get();
Bson projection = Projections.exclude(
"_id",
"obectdata",
"lasModified",
"productCode"
);
MongoCursor<Document> cursor = collection.find(query).projection(projection).iterator();
while (cursor.hasNext()) {
Document doc = cursor.next();
System.out.println(doc.toJson());
}
Ambas as formas essencialmente constroem o BSON para os componentes "query" e "projection" e os emitem como argumentos para o
.find() método. Também existem definições de tipo de classe, se isso também for adequado para você. 
