O problema é que você está passando 'scope' como 'fields'.
Isso funciona:
db.variant_daily_collection.map_reduce(m, r, out="myoutput", query={"site_name": {'$in':['julie2.com','julie3.com','radiotiempo.com']}, 'timestamp': {'$gte':'20110601','$lte':'20110809'}}, scope={'variant_ids': ['4519','4518']})
Onde m é sua função map de cima e r é sua função de redução acima. Acabei de inserir seu documento de exemplo três vezes para testar.
